Os laboratórios e grupos de pesquisa se constituem em centro de estudos e análises sobre assuntos que, embora não fazendo parte explicita da grade curricular da graduação, são considerados relevantes, nos campos das Relações Internacionais e dos Estudos Estratégicos, pelos professores e pesquisadores do Programa de Pós Graduação em Estudos Estratégicos (PPGEST) e dos demais núcleos vinculados INEST.

Atualmente, no INEST, funcionam os seguintes grupos e laboratórios:

Núcleo de Estudos Estratégicos Avançados, conduzido pelo Prof. Márcio Malta

Grupo de Estudos sobre Integração sul-americana, conduzido pelo Prof. Thomas Heye

Centro de Estudos sobre Estados Unidos, conduzido pelo prof. Thomas Heye

Democracia, Forças Armadas, Estado e Sociedade, conduzido pelo Prof. Eduardo Heleno

LAHPIS –  Laboratório de História da Política Internacional Sul-americana, conduzido pelo Prof. Gabriel Passetti

LEPEB – Laboratório de Estudos sobre a Política Externa Brasileira, conduzido pelo professor Adriano de Freixo

SEDE AMERICAS – Conduzido pelos professor Thiago Rodrigues.

Laboratório Defesa e Política[s]  – conduzido pelo professor Luiz Pedone.

LEPIN – Laboratório de Estudos em Política Internacional (LEPIN), conduzido pelo professor Victor Leandro Chaves Gomes.