Os laboratórios e grupos de pesquisa se constituem em centro de estudos e análises sobre assuntos que, embora não fazendo parte explicita da grade curricular da graduação, são considerados relevantes, nos campos das Relações Internacionais e dos Estudos Estratégicos, pelos professores e pesquisadores do Programa de Pós Graduação em Estudos Estratégicos (PPGEST) e dos demais núcleos vinculados INEST.
Atualmente, no INEST, funcionam os seguintes grupos e laboratórios:
Grupo de Estudos sobre Integração sul-americana, conduzido pelo Prof. Thomas Heye
Centro de Estudos sobre Estados Unidos, conduzido pelo prof. Thomas Heye
LEPEB – Laboratório de Estudos sobre a Política Externa Brasileira, conduzido pelos professores Adriano de Freixo e Thiago Rodrigues.
Laboratório Defesa e Política[s] – conduzido pelo professor Luiz Pedone.
LEPIN – Laboratório de Estudos em Política Internacional (LEPIN), conduzido pelo professor Victor Leandro Chaves Gomes.